El primer testimonio documental que nos habla de la existencia de una cofradía bajo la advocación de Jesús Nazareno es una escritura de donación a favor de la misma fechada en 1487.
La mencionada hermandad tiene un carácter asistencial puesto que mantiene a sus expensa el hospital del mismo título en el barrio de Santiago. Esta cofradía hospitalaria entrará en una fase de postración y desparece a mediados del siglo XVI. La citada hermandad no tiene ninguna relación con su homónima penitencial, erigida en el hospital bajomedieval de San Bartolomé del barrio de San Lorenzo aprobada por el obispo fray Martín de Córdoba y Mendoza en el año 1579. Aunque la hermandad tiene un carácter penitencial, asume el compromiso de sostener el establecimiento asistencial de San Bartolomé que cuenta con media docena de camas destinadas a ancianos pobres. La celebración más importante de esta hermandad es la estación de penitencia en la madrugada del Viernes Santo. Se exige a los cofrades la posesión de un buen número de virtudes morales, además del imprescindible requisito de la limpieza de sangre. Estas reglas aprobadas en 1579 tendrán vigencia hasta mediados del siglo XIX, cuando se elaborarán unas nuevas que serán sancionadas por la reina Isabel II.
El siglo XVII marcará una etapa de esplendor y apogeo de la Cofradía de Jesús Nazareno y San Bartolomé de nuestra ciudad. En este siglo aumentará el número de hermanos y culminará el proceso de aristocratización de la cofradía. La estación de penitencia del Viernes Santo incorpora nuevos elementos y adopta la forma definitiva, impregnándose de la estética barroca. Se produce una auténtica eclosión devocional hacia la imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno. La celebración de las fiestas religiosas adquiere una gran solemnidad y la labor asistencial que venía prestando el hospital cobra un nuevo impulso gracias al padre Cristóbal de Santa Catalina. En la cofradía de Jesús Nazareno y San Bartolomé se encuentran representados los diferentes estratos de la nobleza cordobesa formando parte de ella todos los títulos de Castilla y señores de vasallos con residencia en la ciudad, así como los titulares de los grandes señoríos cordobeses que viven fuera de la capital de la diócesis. Durante este siglo, los escribanos públicos ingresan masivamente en la hermandad, vinculación que quedará reforzada en abril de 1694 cuando la hermandad acepta la pretensión del colegio de escribanos de que todos sus miembros sean admitidos en la cofradía. Esta exigencia viene motivada por la contribución económica para sacar el paso de San Juan. En este siglo XVII se producen innovaciones relevantes en la estación de penitencia como el aumento del número de pasos. Además de las imágenes de Jesús Nazareno, San Juan y Dolorosa, se incorporarán en el año 1627 las de la Magdalena y en el año 1628 la de la Verónica. Las andas de madera de Jesús Nazareno serán sustituidas en el año 1700 por unas lujosas de plata.
A lo largo del siglo XVIII continúan vigentes las reglas de 1579 y la estación de penitencia del Viernes Santo mantiene el esquema de la centuria anterior, pero se produce un notorio descenso del número de hermanos surgiendo graves dificultades para pagar los gastos de la procesión lo que contrasta con la riqueza y lujo de los pasos de Jesús Nazareno y Nuestra Señora de la Soledad. Asimismo, se mantiene la aristocratización de la hermandad. Precisamente este elitismo social es la causa del escaso número de cofrades, ya que el estamento nobiliario carece de entidad cuantitativa en el conjunto de la población cordobesa.
El reducido número de hermanos plantea el grave problema de la falta de personas para llevar los pasos en la estación de penitencia. A mediados de este siglo XVIII el colegio de escribanos va a quedar separado de la cofradía de Jesús Nazareno ante la negativa de estos a sufragar los gastos de los cirios que alumbran el paso de San Juan Evangelista. Esta ruptura que se produce en el año 1755 se viene gestando desde 1720. La salida de los escribanos públicos hará que el estamento nobiliario cobre un mayor protagonismo. El incidente provocará la vinculación del colectivo de escribanos a la cofradía del Santo Sepulcro.
A finales del siglo XVIII la hermandad deja de salir a la calle en la madrugada del Viernes Santo, interrumpiéndose la estación de penitencia a partir de 1793 debido a las dificultades para sufragar los gastos y el reducido número de cofrades. Esta postración es un reflejo de la crisis que padecen las cofradías penitenciales cordobesas en esta época.
Tras una larga etapa de postración se produce la reorganización de la hermandad a mediados del siglo XIX. El punto de arranque va a ser un cabildo celebrado el 9 de marzo de 1850 en el que se elige como hermano mayor al duque de Almodóvar. En este cabildo los asistentes acuerdan que la cofradía salga a la calle el Viernes Santo de 1850 y deciden nombrar una comisión encargada de elaborar el proyecto de procesión. Aunque en la Semana Santa de 1850 la cofradía participa en la procesión oficial del Santo Entierro su objetivo es hacer estación de penitencia en el día y hora que tradicionalmente han venido haciéndolo. La autoridad diocesana aprobará esta petición. En el cabildo celebrado el 24 de marzo de 1850 se decide mantener la rígida aristocratización de los siglos anteriores.
La reorganización de la cofradía plantea la necesidad de redactar unos nuevos estatutos que serán aprobados el día 20 de noviembre de 1857, fecha de una real cédula por la que Isabel II aprueba las reglas. La cofradía añadirá a su título el de real con la aprobación de los estatutos por Isabel II.
En los últimos años de este siglo XIX aparecen síntomas de crisis que se agravarán en los lustros finiseculares. El reclutamiento de los miembros entre el reducido grupo de la aristocracia constituye el factor principal de la decadencia de la cofradía, agravada por el alto número de hermanos que reside fuera de la ciudad. A partir de 1863 se suspende la salida procesional de manera definitiva y en el año 1911 la cofradía queda inactiva.
En el año 1938 un reducido grupo de personas devuelve la vida a la cofradía ahora con el título de Nuestro Padre Jesús Nazareno, Nuestra Señora de la Amargura y San Juan Evangelista. El Jueves Santo de ese año realiza estación de penitencia desde el templo parroquial de San Lorenzo. En el año 1939 la cofradía tenía previsto hacer estación de penitencia el Jueves Santo desde la iglesia de Jesús Nazareno, pero las dificultades surgidas obligan a aplazar la salida al día siguiente formando parte de la procesión oficial del Santo Entierro. De nuevo la cofradía volverá a sufrir un proceso de letargo entre los años 1940 a 1971 pasando las imágenes al cuidado de las religiosas de la Congregación de Hospitalarias de Jesús Nazareno.
El despertar del movimiento cofrade en nuestra ciudad y una actitud favorable de las religiosas posibilitaran la reorganización definitiva de la cofradía en el año 1971 constituyéndose una junta gestora encargada de la reorganización. En febrero de 1972 se elige la primera junta directiva de esta nueva etapa y en marzo el obispo aprueba los estatutos, realizando estación de penitencia el Martes Santo de ese mismo año.
La salida procesional de 1973 presenta como novedades de relevancia la artística Cruz de guía y el paso de Jesús Nazareno, obra de Andrés Valverde Luján. En el año 1975 se incorpora María Santísima Nazarena cuyo paso también se debe al mencionado tallista. En los años ochenta se recupera como día de salida el Viernes Santo de madrugada ya que hasta entonces la cofradía salía en la tarde del Martes Santo, y se aprueba el diseño del palio de María Santísima Nazarena.
En el año 1980 Nuestro Padre Jesús Nazareno saldrá por primera vez portado por hermanos costaleros y lo mismo ocurrirá con María Santísima Nazarena en el año 1983. En el año 1999 se estrena un nuevo paso para Nuestro Padre Jesús Nazareno.
Con la llegada del siglo XXI la hermandad abandona la madrugada cordobesa y se incorpora para realizar su estación de penitencia a la nómina de las hermandades que la realizan en la tarde del Jueves Santo en el año 2001, lugar que ocupará hasta nuestros días, siendo en la actualidad la hermandad que abre esta jornada procesional.